在加入尖孢镰刀菌古巴专化型菌：NCBI地址的时候，使用脚本： IN='/var/www/html/JBrowse-1.16.9/Foc_4/data'; OUT='Foc_4_try'; set -e; set -x; # format the reference sequences /var/www/htm…

1. samtools view sam转bam view命令的主要功能是：将sam文件转换成bam文件；然后对bam文件进行各种操作，比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作 是对bam文件进行的，因而当输入为sam文件的时候，不能进行该操作)；最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam（默认的）格式。 bam文件优点：bam文件…

ncbi blast https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

首先安装 BiocManager::install("AnnotationDbi") 然后使用命令： install.packages("./org.Ma.eg.db/", repos=NULL) 意为安装本地./org.Ma.eg.db 目录下的R包，且不使用网络

0.其他小工具软件 sudo apt-get install htop 1.安装fastq等依赖项 sudo apt install cutadapt fastqc python3-pip 很简单一行命令就行 2.安装trim_galore sudo pip3 install --user --upgrade cutadapt sudo wget …

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主要是java环境问题 java 检查当前可用的 Java 运行环境版本，可以使用以下命令： update-java-alternatives --list 输出结果会显示系统上安装的所有 Java 运行环境版本。 设置正确的 Java 运行环境版本，可以使用以下命令： sudo update-java-alternatives --set /pa…

docker run -d --name shinyapp -p 3838:3838 \ -v /docker/shinyapp/:/srv/shiny-server/ \ -v /docker/shinyapp/shinylog/:/var/log/shiny-server/ \ rocker/shiny-verse 1.上述为在docker中安…

首先使用  以下代码安装，报错（报错1） conda create -n ribodetector python=3.8 查验后怀疑为python版本有误，服务器安装的是Python3.9版本，此处使用的是Python3.8 (base) lyu@lyu-lab:/media/qwe/vol1/workspace/yyj/zfk/ribodetec…

作图代码 四、motif_seqlogo图 输入文件：05.motif/knownResults里面的motif file (matrix) 一般为后缀为.motif的文件 把.motif 文件使用文件编辑器打开   复制上面红框中的东西 粘贴到Excel中，标上1、2、3、4等 然后使用Excel的转置功能 转成横行 然后通过之前的图 ，标记上A…