0.其他小工具软件

sudo apt-get install htop

1.安装fastq等依赖项

sudo apt install cutadapt fastqc python3-pip

很简单一行命令就行

2.安装trim_galore

sudo pip3 install --user --upgrade cutadapt
sudo wget -O /usr/local/bin/trim_galore https://github.com/FelixKrueger/TrimGalore/raw/master/trim_galore
sudo chmod +x /usr/local/bin/trim_galore

3.安装mapping时需要的软件

3.1安装bowtie2

sudo apt update
sudo apt install bowtie2

验证安装

bowtie2 --version

3.2安装samtools

sudo apt install samtools

验证安装

samtools --version

3.3安装picard.jar

由于picard.jdr是java程序，因此在安装前需要验证是否安装java

java -version

输入以上命令来验证java是否安装

在确认java确实安装后，使用 wget 命令从 Picard 官方网站下载最新版本的 Picard.jar： （请将 <version> 替换为您想要安装的特定版本号。）

wget https://github.com/broadinstitute/picard/releases/download/<version>/picard.jar

下载好之后，我习惯性会将picard.jar放在~/software/picard 目录下

mv picard.jar ~/software/picard/

现在只要输入

~/software/picard/picard.jar

即可运行picard

添加picard入系统环境变量

vi ~/.bashrc
##在文件末尾添加以下
export PICARD_HOME="/home/lyu/software/picard"
export PATH="$PICARD_HOME:$PATH"
alias picard='java -jar $PICARD_HOME/picard.jar'

保存并关闭文件，让更改生效，运行以下命令

source ~/.bashrc

这时候，只要运行

picard

即可运行picard

3.4安装bamCoverage 以及其他与 deepTools 相关的程序和库

这里使用pip安装，首先要确保您已经安装了Python，并且pip已经可用。

pip install pybedtools
pip install deeptools

这将安装pybedtools和deeptools，其中包含bamCoverage

请注意，如果您使用的是conda环境，则不应使用pip进行软件包安装，因为两个软件包管理器可能会冲突。

更新：pip经常会有网络错误

sudo pip install pybedtools http://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/