作图代码

四、motif_seqlogo图

输入文件：05.motif/knownResults里面的motif file (matrix) 一般为后缀为.motif的文件

把.motif 文件使用文件编辑器打开

复制上面红框中的东西 粘贴到Excel中，标上1、2、3、4等

然后使用Excel的转置功能 转成横行

然后通过之前的图 ，标记上ATCG的位置

然后使用vi编辑器 将上一步的结果复制进去 注意删除复制后导致的最后一行的空行

=======================以下是linux操作系统内的操作======================

1.首先输入R 进入R

2.输入

library(tidyverse)

3.输入

library(ggseqlogo)

以上2个是加载R包

4.输入

dat1 <- read.table("==matrix==",header=T,check.names=F,row.names=1) %>% as.matrix()

pdf(file="==motif_Y15a.pdf==", width=7, height=7)

以上是为了输入作图的命令 包含了输入文件名及输出文件名

5. 输入   

ggseqlogo(dat1)

library(tidyverse)

dat1 <- read.table("matrix",header=T,check.names=F,row.names=1) %>% as.matrix()

｛ 

pdf(file="motif_Y15a.pdf", width=7, height=7)

library(ggseqlogo)

ggseqlogo(dat1)

dev.off()

｝