生成内含子提示：使用bam2hints工具从你的BAM文件中生成内含子提示。这个工具可以从RNA-Seq比对中提取出内含子的信息

bam2hints --intronsonly --in=merged.bam --out=intron_hints.gff

生成覆盖度文件：使用bam2wig工具从你的BAM文件中生成覆盖度文件（bigwig格式）。这个文件可以提供每个位置的读取覆盖度信息1。你可以使用以下命令：

bam2wig merged.bam > coverage.wig

生成外显子部分提示：使用wig2hints.pl脚本从覆盖度文件中生成外显子部分提示。这个脚本可以从覆盖度信息中推断出可能的外显子部分1。你可以使用以下命令：

wig2hints.pl --width=10 --margin=10 --minthresh=2 --minscore=4 --prune=0.1 --src=W --type=ep --UCSC=coverage.wig > exon_hints.gff

合并提示文件：将内含子提示和外显子部分提示合并到一个GFF文件中1。你可以使用以下命令：

cat intron_hints.gff exon_hints.gff > hints.gff

运行Augustus：使用Augustus进行基因预测，输入你的基因组序列和提示文件1。你可以使用以下命令：

augustus --species=your_species --hintsfile=hints.gff --extrinsicCfgFile=extrinsic.cfg  genomic.fna > predictions.gff

最终使用以下命令完成的

augustus --species=genomic.fna > augustus_test.gff