主要是java环境问题

java

1. 检查当前可用的 Java 运行环境版本，可以使用以下命令：

   update-java-alternatives --list

   输出结果会显示系统上安装的所有 Java 运行环境版本。

2. 设置正确的 Java 运行环境版本，可以使用以下命令：

   sudo update-java-alternatives --set /path/to/java

   将 /path/to/java 替换为您想要使用的 Java 运行环境的路径，例如 /usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/bin/java。

3. 确认 Java 运行环境已经设置正确，可以再次运行 Picard 命令，并加上 -version 参数：

   java -version`

   如果输出的版本号与您所期望的版本号相同，则说明已经成功设置了正确的 Java 运行环境版本。

如果仍然遇到问题，建议您检查系统的环境变量，确保 JAVA_HOME 和 PATH 环境变量都指向正确的 Java 运行环境路径。3

使用上述命令后，发现当前的java版本为  1.11.0

java-1.11.0-openjdk-amd64      1111       /usr/lib/jvm/java-1.11.0-openjdk-amd64

要更新到最新版本的java，先在 https://www.oracle.com/java/technologies/downloads/#java11

上述网站中，下载最新版本的JDK 11.0.18的包

选择linux中最下面的 x64 Compressed Archive这个版本为压缩包版的，下载需要登录 账号为 qq邮箱 密码为z2582682213Z@

下载后传到服务器

~/software/tmp_java

临时目录下

使用下列命令解压缩

tar -zxvf jdk-8u321-linux-x64.tar.gz

将解压后的文件夹移动到 /usr/lib/jvm 目录下，例如使用以下命令：

sudo mv jdk-11.0.18 /usr/lib/jvm/

配置系统以使用新安装的 Java 运行环境版本，可以使用以下命令：

sudo update-alternatives --install /usr/bin/java java /usr/lib/jvm/jdk-11.0.18/bin/java 1
sudo update-alternatives --set java /usr/lib/jvm/jdk-11.0.18/bin/java

1. 第一条命令将新安装的 Java 运行环境版本添加到系统的备选项中，并设置其优先级为 1。第二条命令将新安装的 Java 运行环境版本设置为系统默认版本。

完成以上步骤后，您就可以使用新安装的 Java 运行环境版本了。可以使用以下命令验证已安装的 Java 运行环境版本java -version

上面的jdk-11.0.18 可以根据最新版本来更换

注意！！本方法适用于https://github.com/broadinstitute/picard/releases   3.0之前的版本，之后的版本不行

ubuntu